Rehola! CHuLoYo a mí me gusta, buen trabajo! Menos ajax, más permalinks, más uso de una sola ventana, la publicidad parece que se puede insertar en más sitios y que quede mejor, se aprovecha mejor el espacio, los colores siguen siendo los adecuados (como ahora) para un sitio de elearning.
De diseño no entiendo, a mí me gustan los sitios simples así que no puedo opinar. Pero, lo dicho, en cuanto a usabilidad y accesibilidad la nueva navegación que has propuesto me parece mejor que la actual (con tanto ajax, ventanas a lo popup, sin permalinks, navegación a única ventana de navegador, ...). Lo que hay ahora es una interfaz más innovadora si lo quieres ver así, por el echo de que el nuevo diseño que propones es más típico, el más usado. Pero creo de verdad que se gana en usabilidad y accesibilidad: creo que vale la pena el cambio (aunque sea "menos original")
Si te animas a convertir el código de gAp en un proyecto en grupo de código abierto yo me apuntaría al carro ¿Empezar esta semana? OK!

Como sugerencias para abrir boca:
1. Código: Necesitamos un repositorio de código. Git, Mercurial, Bazaar, SVN, CVS, ... lo que quieras. Personalmente voto por git o algún DRCS por aquello de aprender/reforzar habilidades en estos sistemas de control de moda. Pero que vamos, con SVN sobra. Tuyo es el código, tuya la decisión XD
2. Documentación: Necesitamos un wiki para documentar el proyecto y un sistema phpDocumentator o similar para documentar el código. La idea es que el código deje de ser simplemente tuyo y pase a ser de la comunidad ¿Cómo atraer colaboradores? Poniéndoles las cosas fáciles: páginas wiki sin enrollarse con guías de cómo empezar a colaborar, esquemas o diagramas de cómo está montado el sitio, enseñar cómo empezar a leer el código, código comentado: clases explicadas, qué hace cada método, qué es cada atributo.
3. Comunicación: estaría muy bien charlar en tiempo real (IRC, algo simple). Si no podemos coincidir mucho pues podríamos intentar a hacer quedadas algún día para comentarnos problemas, que vamos haciendo o que tenemos pensado hacer próximamente.
4. Programación: diseño orientado a objetos y POO. Es decir, lo de php4 debería descartarse desde ya. No estoy pensando en mí, pues mi php5 está muy oxidado y para mí va a ser también un esfuerzo. Pero hay que tener claro qué queremos hacer: otro sitio en php hecho de cualquier manera, con código de lógica de aplicación mezclado de cualquier modo con HTML y javascript embutido, sin ningún modelo de clases ni coherencia. O intentar tener claro qué es código de interfaz, cuál de negocio, estructurar bien el código del proyecto en subdirectorios, aplicar MVC (si nos conviene, hay que verlo) o cualquier otro tipo de patrón (Fachada por ejemplo, si vamos a usar APIs de terceros), mirar a ver si nos atrevemos a utilizar algún framework (yo no conozco ninguno, hace tiempo aprendi un poco de symfony pero ya ni me acuerdo), etc.
Lo dejo ahí. Y hago énfasis en el punto 4. Por mi parte estoy dispuesto a colaborar pero sobretodo si hay intención de darle importancia a cosas como Diseño Orientado a Objetos, PHP5, estándares, código limpio, documentación, y cosas así. Vamos, que mi objetivo es aprender y mejorar: gAp en sí mismo me importa unos cojones XD Es coña sólo bromeo

Lo que quiero decir es que no programo por programar, mi interés está más centrado en el proceso que en el resultado. De nada me vale conseguir algo resultón (y que por dentro está hecho una porquería que a ver quién es el guapo que mantiene semejante engendro), prefiero fracasar y cometer errores si por el camino aprendo a hacer las cosas mejor.
Menuda chapa amigos! XDDD Un saludo y perdón por el chapón